Ez a munkafázis előzi meg a hűtőközeg betöltését, célja, hogy a próbaközegként használt nitrogént, a levegő alkotórészeit, az egyéb gázokat és a maradék nedvességtartalmat eltávolítsuk. A vákuumolás által a rendszert gáztalanítjuk, szárítjuk, valamint újra ellenőrizzük a gáztömörségét is. Szénhidrogén, halogénezett szénhidrogén hűtőközegek esetén az az előírás, hogy az idegengázok résznyomása tartósan 2,7 mbar alatt legyen a berendezés bármely részében. A nyomás csökkentésével a víz forráspontja is csökken, ezen a nyomásértéken pedig a már környezeti hőmérsékleten forrni kezd. A keletkező vízgőzt vákuumszivattyúval el lehet távolítani a rendszerből.

A vákuumolás időtartama a vákuumszivattyú teljesítményétől és a környezeti hőmérséklettől függ. Érdemes tehát minél melegebb környezetben elvégezni, odafigyelve arra, hogy a nyomás mindig kisebb legyen a berendezés leghidegebb részének hőmérsékletéhez tartozó vízgőznyomásnál. Vannak olyan nagyobb berendezések, melyeknek egy része a szabadban van. Ezeknél szakaszolva végezzük a vákuumolást, a külső, alacsony hőmérsékleten levő részeket melegítve. Gyorsítani lehet az eljárást azzal is, ha úgynevezett közbenső öblítést végzünk. Ilyenkor a vákuumolást megszakítva száraz nitrogénnel átöblítjük a rendszert, ezzel az idegengázok és a vízgőz koncentrációját csökkentjük, majd újra vákuumolunk. Korábban ezt az öblítést magával a hűtőközeggel végezték, de ez ma már környezetvédelmi szempontok miatt szigorúan tilos. A nitrogénes öblítés, amellett, hogy nem környezetkárosító, hatékonyabb is, mert a nitrogén vízfelvevő képessége jóval nagyobb, mint a hűtőközegeké.

A vákuumolás elvégzéséhez a vákuumszivattyúnak nemcsak nagy szállító-teljesítményűnek, hanem megfelelő végvákuumúnak kell lennie. Kisebb hűtőberendezéseknél a szállító-teljesítmény 2 – 3 m³/h, a végvákuum 0,05 mbar alatti kell, hogy legyen. A nagyobb berendezéseknél ezek az értékek a következőképpen alakulnak: 5 – 6 m³/h szállító-teljesítmény, 0,05 mbar végvákuum, míg a legnagyobb hűtőberendezések esetén a szállítóteljesítmény 10 m³/h fölé is nőhet. Ha a csőhálózat nagyon kiterjedt, célszerű egyszerre több vákuumszivattyút alkalmazni és több csatlakozásnál végezni a vákuumolást. A hatékony vákuumoláshoz általában kétfokozatú forgólapátos rendszerű vákuumszivattyút alkalmaznak, ami nagy szívóképességű, mély a végvákuuma, jól viseli a vízgőzterhelést és csaknem rezgésmentes üzemű. Gyakran ellátják egy gázballaszt-szelepnek nevezett készülékkel, ami megakadályozza a gőz kondenzálódását és az olajba kerülését. A vákuumszivattyú műszaki állapotát és a betöltött olaj minőségét időszakosan ellenőrizni kell a megfelelő vákuumolás érdekében. A vákuumszivattyú végvákuumának ellenőrzésére megfelelő pontosságú finomvákuummérő, valamint a helyszínen használható elektronikus vákuummérő alkalmazása szükséges.